Een andere ontwikkeling tijdens die periode School van de Daito Ryu Aiki-Ju jutsu. Deze stijl werd eigenlijk ontwikkeld in de medio 800's door Teijun Fujiwara. Volgens de legende was hij de zesde zoon van Keizer Seiwa en ontdekte hij het principe van Aiki ("harmonische geest" of energieke verbinding). Hij droeg de kunst aan zijn zoon over, wie de naam Minamoto werd gegeven. Zij behoorden tot de Seiwa Genji clan en hielden de Aiki ju jutsu als hun familiekunst geheim. Zij waren allen van historisch belang en hadden de algemene verantwoordelijkheid over het Noordelijke Leger
Er zijn personen die dit begin als een legende beschouwen, maar het staat onbetwistbaar vast dat Seiwa Minamoto van uit het niets de krachtigste strijders van geheel Japan ging worden. En zij deden dit in slechts vier generaties ondanks velen ouder, rijkere families die meer gevechtservaring hadden. De plotselinge stijging van de Minamoto
clan wordt toegeschreven aan hun ju jutsu (geheime kunst). De naam "Daito Ryu" (de grote oostelijke stijl) stamt uit de familie Minamoto die de krachtigste familie in oostelijk Japan. Minamoto Yoshimitsu wordt beschouwd als
daadwerkelijke stichter van de Daito Ryu. Hij was een meester van vele kunsten. Hij was een dichter, strijder, arts en historicus. Het wordt gezegd hij de kunst van atemi (opvallende essentiële punten op het lichaam) en kansetsu
(klemmen) ontdekte door het ontleden van de organismen van misdadigers en oorlogsdoden. Het is ook hij die vele nieuwe methodes bedacht had om een gevangene te beperken in zijn bewegingen door de actie van een spin waar te nemen die een Web over zijn prooi weeft.
Aan het begin van de era Meiji (begin 19e eeuw), Saigo Tanomo Chikamasa, een Shinto priester was een Daimyo en een lid van de Aizu clan en Heer van een
vesting. Saigo benaderde een jonge zwaardvechter, Sokaku Takeda, en huurde hem in als bodyguard. Takeda was een zeer deskundige zwaardvechter, geboren
en verheven tot Samoerai. Op zijn 20ste had hij de zwaardschool van Ono-Ha Itto Ryu en Kyoshin Meichi Ryu, alsook de zwaardstijlen van Jikkishin Kage Ryu en eveneens de speertechnieken van Hosoin Ryu, compleet onder de knie. Saigo wenste dat Takeda ook de Daito Ryu zou bestuderen om later deze kennis door te
geven, maar hij was nog bezig met zijn zwaard. Takeda werd later aangevallen door een menigte van werklieden die over hem gehoord hadden. Zowat drie
honderd arbeiders vielen hem aan, de meerderheid van hen waren bewapend. De politie kwam tussenbeide en redde Takeda, maar alvorens zij daar waren had hij al twaalf mensen gedood en verscheidene verwond. Saigo adviseerde Takeda om zijn systeem te leren aangezien de tijd van de zwaarden voorbij was. Takeda weigerde en Saigo nam dan in zijn plaats Shida Shiro aan en onderwees hem de technieken van de Daito Ryu. Shiro ging na zijn opleiding zich bij Kano in Kodokan aansluiten en was een stuwende kracht in de eerste dagen bij Kano.
In 1898 contacteerde Saigo Takeda opnieuw, en overreedde hem om toch de Daito Ryu te bestuderen. Takeda vond het interessant en begon ernstig met zijn studies. Hij verbeterde vele Aiki ju jutsu technieken. Hij opende een dojo en onderwees de Daito Ryu Aiki-Ju Jutsu. Takeda reisde naar Hokkaido waar hij door de Judo hoofdleraar werd bezocht van Kano om de Daito Ryu technieken te leren om later ze in het Judo van Kano op te kunnen opnemen. Twee andere studenten, Kotaro Yoshida en Morihei Ueshiba hadden andere kunsten gestudeerd en kwamen ook de Daito Ryu studeren. Later verkregen deze de toestemming van Takeda om ook Daito Ryu te onderwijzen. Zoals we het nu allen weten, heeft Morihei Ueshiba de Aiki Budo ontwikkeld, welke recenter Aikido werd.
Takeda onderwees voortdurend met behulp van zijn zoon, Tokimune. Tokimune wordt beschouwd als de persoon die de verspreiding van de kunst over de hele wereld bevorderde. Deze kunst is gebaseerd op een reeks technieken met de nadruk op Ki, (uitbreiding van energie) die terug te vinden is in de ontwikkeling van vele huidige krijgskunsten zoals Aikido, Yamate Ryu, Hapkido, Yanagi Ryu en Hakko Ryu.
Daito Ryu heeft 118 basistechnieken, 164 hogere niveautechnieken en 66 geheime technieken. Dojo’s van de Daito Ryu zijn zeer traditioneel in structuur. In Japan zouden de buitenstaanders niet worden toegelaten zonder formele aanbevelingen en zelfs wanneer deze voorwaarde wordt voldaan moest men uit
eerbied testen ondergaan. De geheime technieken worden nooit onderwezen behalve aan een uchideshi met de belofte deze technieken geheim te houden en ze nooit te delen tenzij met expliciete toestemming. Men begrijpt dat de studenten van de ju jutsu opgeleid worden om een geestelijke en technische rijpheid in
de kunst te verwerven en dan het uiteindelijk te overtreffen. Deze houding wordt tot op heden nog door vele leraren en dojo’s van klassiek en moderne arts gevolgd.
Sokaku Takeda stierf in 1943 en wordt beschouwd als de belangrijkste ontwikkelaar van het systeem van Daito Ryu. Zijn zoon Tokimune Takeda nam de positie
van Soke (directeur van ryu) over en bleef deze kunst onderwijzen en verkondigen. In 1993 overleed hij en werd hij opgevolgd door Katsuyuki Kondo.